半人马座外星隐身飞船悄然降临地球，并投放了数个隐身3D打印器悬停在地球上空进行外星巨兽打印并袭击地球。由于第一头巨兽的强度并不高，人类武器将其击败。然而随着第二头巨兽的降临，人类的武器开始乏力，于是为了人类的生死存亡，以总指挥吴赵军为首创立了代号为雷霆万钧的机甲建造计划，并以郭山为首的机甲驾驶员的雷霆军团诞生。中国相继建造了三台机甲，白虎、玄武和凤凰号在中国主战场多次抵御了巨兽入侵。但为了解决根本，军方将被击败的巨兽尸体进行研究但一直没有进展，而另一边郭山的父亲，同是科学家和生物学家的卫河教授也在秘密研究巨兽的出现地、弱点及目的，而同时白虎号驾驶员赵风暗恋着搭档惠茜，凤凰号驾驶员凤月则暗恋着郭山。

突然灵活的利齿兽袭击城市，虽然利齿兽拥有尖锐的长牙且非常灵活，但在郭山驾驶的玄武号机甲面前还是略逊一筹，中途玄武号差点被击败，但拥有厚重盔甲的玄武号抗了下来，并使用高压电拳将其击败。

这时郭山也了解到父亲卫河在秘密研究巨兽，卫河也发现了巨兽的秘密，但一些地下势力不法分子想抓走卫河并想用卫河的信息要挟军方，而正好卫河所在城市突遭到风暴龙、石肤和雷伽斯三头巨兽同时袭击，一时间情况变得十分复杂。这时三军统帅王封派出了一只特种部队前去救援卫河，并派出潜艇和战机对巨兽进行干扰，玄武号，白虎号以及凤凰号相继赶往战场，形成了三对三的局面。凤凰号在后排远程输出支援，玄武号和白虎号左右开弓近身肉搏，但大家却发现此次同时出现的三头巨兽进化了，不但拥有团队配合还能轻易挡住机甲的攻击，局势瞬间扭转。而另一边，特种部队空降在卫河城市，一路击杀了数名叛乱分子，并成功将其救出。但机甲这边的局势略显不妙，石肤的力量过于强大以一敌二，风暴龙则直接切到了后排袭击凤凰号，这时雷伽斯释放的高能电压让白虎号和凤凰号瘫痪，只有同带高能电压的玄武号没有受到影响，情急之下，玄武号冲向雷伽斯，而白虎号和凤凰号此时也启用备用电源，但在石肤的强大力量前白虎号陷入危机，危急时刻，赵风打开逃生舱让惠茜逃了出去，自己则驾驶着白虎号与石肤决战。玄武号解决掉雷伽斯后，却发现白虎号的头部已被石肤抓在手里，赵风光荣牺牲。后排的凤凰号被风暴龙拖入空中，而石肤则把玄武号的头按进海里，拥有动力推进器的凤凰号挣脱了风暴龙并用导弹将其击落，在击落的一瞬间将风暴龙斩成两半。而石肤将玄武号已经基本废掉，但受伤的石肤潜入海底逃离。

此战的代价巨大，大家带着沉重的心情为赵风默哀，卫河告诉大家，巨兽并不是空穴来风而是被3D打印出来的，并且幕后操控者很可能将地球作为狩猎场用来训化巨兽，而巨兽的弱点就是没有弱点，因为他们在不断自我进化来弥补自身缺点。消息如雷贯耳，但目前人类还无法找到3D打印飞行器。正当大家一筹莫展之时石肤再次出现，而此时最新也可能是人类最后希望的赤龙号机甲建造完成，此时因凤凰号需要修理，所以赤龙号由郭山和凤月一同驾驶。

两人驾驶着赤龙号与石肤做最后的决斗，赤龙号将其扔上陆地，并拿起巨型树干猛击石肤，受伤的石肤将赤龙号放倒单手拖拽赤龙号，情急关头，赤龙号打开胸前的电磁轨道炮一发入魂，将石肤的头击穿。正当大家欢喜的时候，一架3D打印飞行器主动现身并实时打印了一个终极巨兽克拉姆暴君。带着恐惧和希望赤龙号正面迎敌，映入眼帘的是比赤龙号机甲高出十五米的巨兽之王克拉姆暴君。克拉姆从体内瞬间产出了两只小型巨兽巨影并与赤龙号交战在一起，交战中赤龙号被两只巨影架住双臂，克拉姆正面从嘴中发出能量光束，情急之中赤龙号射出电磁轨道炮，两道光波在空中爆炸直接震倒了两只巨影，此刻赤龙号从后背拿出了最终杀器雷霆剑，直接将两只巨影一斩两段。最终与克拉姆暴君的生死较量中，赤龙号用雷霆剑插入克拉姆的腹部并抬手将其一分为二，赤龙号乘胜追击将空中的3D打印器摧毁。至此，人类终于看到了曙光，但当大家沉浸在喜悦中时，地球上剩下的3D打印器开始同时工作，地球将面临更大的灾难。